我觉得是大型陨石撞击，证据如下：
“天启丙寅五月初六日巳时，天色皎洁，忽有声如吼，从东北方渐至京城西南角，灰气涌起，屋宇动荡。须臾大震一声，天崩地塌，昏黑如夜，万室平沉。东自顺城门大街，北至刑部街，长三、四里，周围十三里尽为齑粉，屋以数万计，人以万计。”
（注意“天色皎洁”几个字，龙卷风发生时天空中应有积雨云。此段更像是描写陨石从天空呼啸而过，击中地面引发王恭厂火药库大爆炸，形成冲击波毁坏房屋的情景。注意“周围十三里尽为齑粉”，说明毁坏程度极其严重）
“遥望云气，有如乱丝者，有五色者，有如灵芝黑色者，冲天而起，经时方散。”
（这里的云气更像是陨石击中地面引发火药库大爆炸造成的蘑菇云，注意“冲天而起，经时方散”几个字）
至于受害者“衣物皆无”，可能是巨大的冲击波将衣物吹走导致的。
龙卷风说最大的问题在于无从解释“爆炸”与“震动”，且龙卷风为历史上较常见的现象，不应该使史官如此困惑。
我也贴一篇分析，台湾的：
http://www.sincehistory.twmail.org/13_11.pdf[ 此帖被广林居士在2010-07-01 18:14重新编辑 ]
